Su última participación fue en 2013 y terminó con eliminación en 1º ronda tras compartir grupo con Achirense (en ese torneo consiguió el ascenso) y Almagro de Concepción del Uruguay.
El conjunto sanjosesino se ubicó en el 6º puesto de la Tabla General de la Liga con 11 triunfos, 10 empates y 9 derrotas sumando 43 puntos y fue eliminado en los 4º de final del Play Off frente al flamante campeón CAVE, tras empatar 0-0 de local y caer 1-0 en suplementario en Villa Elisa. Luis Ríos fue el técnico hasta la 5º fecha del Clausura y desde allí el equipo principal estuvo a cargo de Daniel Pereyra.
Según la información oficial el Torneo Federal C comenzará el domingo 28 de enero y tal como sucedió en los últimos años participarán más de 300 equipos de todo el país aunque bajo la regionalización dispuesta por el Consejo Federal. La Liga de Colón, al igual que todas las de Entre Ríos, se encuentra en la Región Litoral Sur junto a una porción de la provincia de Santa Fe.
Se especula que entre hoy y mañana podrían confirmarse las zonas de la 1º Fase donde habitualmente los equipos son agrupados en cuadrangulares o triangulares en algunos casos siempre de acuerdo a la cercanía geográfica. Los entrerrianos que confirmaron su participación fueron: Ramsar Juniors de Basavilbaso y Deportivo Mantero (Liga Regional), Santa Rosa (Colón), Rivadavia y María Auxiliadora (Concepción del Uruguay), San Lorenzo de Villa Adela, Comunicaciones y Colegiales (Concordia), Atlético Diamantino (Diamante), Deportivo Cosmos (Federación), Talleres (Federal), Centro Bancario y Sociedad Sportiva (Gualeguay), Deportivo Urdinarrain y Juventud Urdinarrin (Gualeguaychú), Independiente de Hernandarias, Litoral de María Grande y Unión Agrarios Cerrito (Liga de María Grande), 25 de Mayo y Cultural Aranguren (Nogoyá), Sportivo Urquiza e Instituto (Paraná), Deportivo Villaguay y Atlético Gualeguay (Villaguay).
